Las causas de síndromes craneofaciales son principalmente desconocido. Las teorías incluyen: compresión bebé a lo largo de la caja torácica presión puesta en el cráneo. Esto puede conducir a la fusión prematura de las suturas craneales. Causas de síndromes están asociados con una de las cuatro mutaciones genéticas. FGFR1, FGFR1, y FGFR3 - Estos están asociados con factores de crecimiento de fibroblastos receptores que son menos eficaces. Esto conduce a la interrupción del desarrollo del cráneo.
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