El perfil de seguridad a largo plazo de medicamentos para la enfermedad por reflujo gastroesofágico (ERGE) es en general buena, pero sí suprimir una función corporal normal la producción de ácido del estómago - y una serie de problemas han sido identificados. Las preocupaciones más notables han sido con la disminución en la absorción de vitaminas y minerales, tales como calcio, vitamina D, y hierro. Algunos estudios han documentado una mayor tasa de osteoporosis y la fractura de cadera, que puede ser debido a la falta de absorción. También ha habido algunas preocupaciones planteadas acerca de las infecciones que se pueden desarrollar. El ácido en el estómago mata a las bacterias que se tragan, y sin que la producción de ácido, algunas bacterias pueden entrar a través del resto del cuerpo y causar infección. Una de las mayores preocupaciones se relaciona con la incidencia más alta de cáncer de la unión gastroesofágica. Las tasas de este tipo de cáncer se han incrementado en un 600 por ciento en los últimos 30 años, lo que coincide con el momento en que estos fuertes medicamentos antiácidos se introdujo por primera vez. Algunos estudios sugieren que puede haber una relación entre los dos.
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